寬場顯微鏡
寬場顯微鏡使用相機采集圖像。當成像視野大于相機芯片的時候，就會出現暗角，最終導致拼圖產生陰影，因此確保使視野小于芯片大小是避免陰影的關鍵。
在寬場顯微鏡上，可以通過設置Acquisition ROI來改變成像視野大小。
由于不同相機芯片大小有別，很難給出一個通用的參考值，因此建議只要視野略小于相機大小即可。具體可以參照下圖
▲ 圖中黑色區域代表相機芯片，藍色框代表視野大小。圖中的藍色框和黑色區域大小一樣，代表視野和相機芯片大小一樣。通過修改ROI數字，使得藍色框(視野)略小于黑色區域(相機芯片)即可。
針孔 (pinhole)
針孔的大小影響著可通過的光信號量，進而影響視野亮度。
針孔越小，視野越暗，則越容易出現拼痕。因此建議在做拼圖成像的時候，pinhole不小于1，并且可以根據實際情況適當往上微調。
但是注意，針孔越大，光學分辨率越差，因此需要把握好平衡。
放大倍數 (Zoom)
在蔡司激光共聚焦顯微鏡(點擊查看)上，當放大倍數越小，視野則越大，也更加容易出現暗角。
因此建議在做拼圖成像的時候，Zoom不小于1，并且可以根據實際情況適當往上微調。
但是注意，Zoom越大，視野越小，需要做的拼圖數更多，成像時間更長，因此需要把握好平衡。
▲ 做拼圖的時候共聚焦上需要確保針孔不小于1 Airy Unit，以及放大倍數不小于1。
圖像處理
無論是寬場還是共聚焦，拼圖拍完后都必須進行拼接 (Stitching) 圖像處理，使不同的拼圖連接在一起，消除錯位。
具體步驟：在ZEN Blue -> Image Processing -> 搜索”Stitching” -> 選擇 “New Output” -> 點擊Apply，即可生成一張拼接好的大視野圖像。
當圖像部分地方存在陰影的時候，可以嘗試在Stitching處理中，選上 “Fuse tiles” 或者 “Correct Shading“ 或兩者全選，來去除陰影。
▲ Fuse tiles和Correct Shading處理以及處理前后對比圖。
以上就是拼圖實驗中，常見的導致拼痕、陰影的原因以及解決辦法。如果按照以上方法處理后圖像還是有很嚴重的拼痕或者陰影，可以聯系我們4001500108的工程師解決哦。
