要獲得一張清晰的電鏡照片，必須要能夠做好最基本的電鏡操作、以及針對各種樣品做出工作條件的優化。基本操作包括熟練的調節對焦和消像散。對焦相對容易，改變焦距，直至圖像最清楚的時刻即為合焦。在偏離焦距較多的時候可以用較高的靈敏度，在合焦點附近調低靈敏度，以便進行對焦。基本操作中消像散相對來說比較麻煩，特別是像散很大時，對于很多初學者來說調節比較困難。不過前面已經介紹了像散的產生，電子束由于不再是圓形，所以在像散未消除的情況下，圖像是不清晰的。不過其中有兩個特殊的位置，即光學中的子午和弧矢，在這兩個位置上束斑完全成正交的直線。而明晰圓一般在弧矢和子午的中間。
圖1. 弧矢、子午和明晰圓對應的圖像
所以反映在電鏡圖像上，改變焦距的時候會出現兩個嚴重的拉伸，拉伸方向可能因樣品而不同，但是這兩個拉伸方向一定正交。所以此時將焦距調節至兩個拉伸明顯狀態的中間位置，基本固定焦距。然后在此焦距下，進行消像散線圈的調節，先調X或Y中的一個維度，待圖像達到最清楚后再調節另一個維度。
有關拉伸方向的判斷并不困難，試樣中的各種特征點都可以作為判斷依據，比如孔洞或者顆粒(如圖5-2)，或者樣品邊緣(如圖5-3)，都可以輕易的進行判斷。尤其在像散比較大時，不要焦距和像散的兩個維度亂調一氣，以免像散過大而完全無從判斷。
圖2. 孔洞、顆粒的像散判斷
圖3. 邊界的像散判斷
消像散、對焦是掃描電鏡操作中最基本的要求，在進行圖像觀察時要時刻保持合焦和無像散的狀態。
