掃描電鏡通常采樣光柵掃描的方式，需要掃描點(diǎn)遍歷樣品的特征區(qū)域。這樣需要采集大量的數(shù)據(jù)點(diǎn)，如果增加像素尺寸和駐留時(shí)間都會(huì)導(dǎo)致整幅圖像的耗時(shí)增加。除了需要采集大量的像素外，它還容易造成圖像失真：與豎直的掃描方向相比，電子束在水平方向上的掃描速度更快，從而導(dǎo)致對(duì)圖像中x和y方向的處理不平等。
當(dāng)電子束到達(dá)一行的末尾時(shí)，它會(huì)以所謂的回掃運(yùn)動(dòng)(fly-back)偏轉(zhuǎn)至下一行的開(kāi)始處。在回掃期間，掃描系統(tǒng)的有限時(shí)間響應(yīng)可能導(dǎo)致束斑的實(shí)際位置與目標(biāo)位置之間出現(xiàn)偏差。在達(dá)到恒定的掃描速度前，這會(huì)導(dǎo)致新掃描線的前幾個(gè)像素變形。故需要增加回掃時(shí)間來(lái)緩解此影響。并且，在常規(guī)的光柵掃描中，先后掃描的位置彼此臨近。對(duì)于易荷電樣品，這不利于電荷的擴(kuò)散。
因此，除了增加總采集時(shí)間之外，該掃描策略還會(huì)增加電子束的劑量和并導(dǎo)致劑量的不均勻分布，從而容易出現(xiàn)掃描偽像及樣品偏移。只是一般情況下較難察覺(jué)，但是在高倍率、大束流和敏感樣品時(shí)會(huì)變得明顯。電子束從左往右快速掃描，但從上往下掃描速度較慢，因此在使用慢掃描時(shí)，當(dāng)出現(xiàn)振動(dòng)或干擾時(shí)，真正的束斑位置和預(yù)定的位置在上下方向會(huì)出現(xiàn)明顯偏差，就會(huì)出現(xiàn)圖示的鋸齒條紋。
可以使用一些策略來(lái)消除圖像中的失真，例如漂移校正，又比如基于光柵掃描的線掃瞄和隔行掃描。但是，采用不同于光柵掃描的方式也有相當(dāng)大的潛力。
因?yàn)槭褂帽悠凡⒆非笤臃直妫琓EM/STEM中的STEM更容易受到樣品穩(wěn)定性的制約，除了常用的低劑量方法和提高探測(cè)效率外，近年來(lái)出現(xiàn)了很多特殊的掃描方式，諸如蛇形掃描、螺旋掃描、隨機(jī)掃描和動(dòng)態(tài)掃描等掃描方式，其中一些掃描方式不需要像通常掃描方式一樣遍歷所有點(diǎn)。一些特殊的掃描方式在掃描電鏡中也開(kāi)始得到應(yīng)用。采用適當(dāng)?shù)膾呙璺绞娇梢韵鈻艗呙柚械幕貟撸部梢詼p少掃描點(diǎn)，還可以將掃描的位置區(qū)分開(kāi)以減弱電荷的匯聚，從而減少電子束損傷、荷電、圖像失真和漂移。只是這些特殊的掃描方式還不是商用電鏡的通用模式，需要在硬件和軟件上對(duì)掃描系統(tǒng)進(jìn)行更改。
